Makro heeft in Vlaanderen vier filialen en in Wallonië twee filialen, gevestigd te Eke (bij Gent), Deurne (bij Antwerpen) Sint-Pieters-Leeuw (Brussel), Machelen (bij Brussel), Alleur en Lodelinsart.
Het bedrijf opende zijn eerste winkel in 1970 te Deurne. In tegenstelling tot Nederland zijn particulieren hier toegelaten aankopen te doen. De identiteitskaart wordt getoond aan de klantenreceptie van de Makro-winkel. Aan de hand van bepaalde gegevens wordt een Makro-kaart aangemaakt. Werknemers houden aan de ingang controle op het bezit van deze kaart. METRO Cash & Carry Belgium is voorbehouden voor horeca-professionals en handelaars.